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16S/18S/ITS rDNA擴增子測序
背景介紹
微生物組是指存在于特定環境中所有微生物種類及其遺傳信息和功能的集合，微生物組被稱為“人體第二基因組”。特別是腸道菌群對宿主很多重要生理功能的維護和發揮起著非常重要的作用，這些菌群微生物與人體健康息息相關，對人體營養物質代謝、人體自身發育、免疫及疾病的產生等方面都起到極其重要的作用?，F有的研究表明，健康人的腸道細菌與某些疾病患者顯著不同，腸道微生物與多種疾病發病直接相關，比如癌癥、心血管疾病、神經性疾病等。
微生物與人體健康息息相關
產品簡介
以高通量測序為基本手段的擴增子檢測技術，為微生物組學研究的快速發展起到了極大的推動作用，為與微生物相關的疾病研究提供了有效的解決方案。利用此技術可以一次性完成多個樣本的平行測序，對微生物的物種組成、種群結構、進化關系、功能基因組、差異基因等進行分析。
技術流程
細菌 16S rDNA 全長約 1540bp，包含 10 個保守區和 9 個高變區 (V1-V9)，其中保守區在細菌間差別不大，高變區具有高度特異性，因此可通過對 16S rDNA 全長區域或某些高變區域進行測序來分析細菌群落多樣性，其中基于 16S rDNA 全長序列的分析能鑒定種水平，分類和定量也更準確。分析服務平臺分為兩大部分：基本分析和模塊分析。其中模塊分析可根據需求對要研究的樣品分組，進行物種組成分析、alpha 多樣性分析、beta 多樣性分析和差異分析。
16S rDNA 區段及全長測序分析流程
結果展示
OTU花瓣圖（左1）； GraPhlAn進化樹（左2）； 物種組成分析柱狀圖（右1）； 物種/功能聚類熱圖（右2）
Krona物種組成展示（左1）； 基于物種的樣品聚類樹（左2）； LEfSe分析進化分枝圖（右1）； PCA/PCoA聚類圖（右2）
屬水平RDA分析（左1）； 功能基因數目統計示意圖（左2）； 代謝通路示意圖（右1）； 網絡互作圖（右2）
送樣要求
應用方向
應用案例
微生物標志物的結直腸癌早診早篩研究
Identification of microbial markers acrosspopulations in early detection of colorectal cancer
發表雜志：Nature Communications（IF: 14.919） ； 發表時間： 2021年 5月； 應用技術： 16S rDNA擴增子測序
腸道微生物群與結直腸癌（CRC） 之間的關系已被廣泛研究。然而在多個人群中用于早期腺瘤診斷的可復制標記物仍然是未知的。該研究對1,056份糞便樣本進行了綜合分析，以確定腺瘤相關的微生物標志物，用于早期檢測結直腸癌。構建了隨機森林分類器，由11個區分腺瘤與對照的標記物（ROC曲線下面積（AUC）=0.80） 和26個區分腺瘤與CRC的標記物（AUC=0.89） 組成。此外，在兩個獨立隊列中驗證了分類器的AUC分別為0.78和0.84。從而證明腺瘤特異性標志物在多人群中的有效性，有助于CRC的早期診斷和治療。
對照、腺瘤以及癌癥組不同菌群多樣（左）； 利用Biomarker區分腺瘤與對照或癌癥（右）
