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Mission Bio單細胞多組學測序(SNV+CNV+蛋白)
背景介紹
單細胞測序技術的快速發展極大地加速了生物醫學領域的相關研究,幫助科研人員克服了生物樣本內異質性等重大挑戰,然而先前的單細胞測序優勢主要集中在高通量獲取單細胞轉錄組信息,對于高通量的捕獲基因組以及多組學信息較為欠缺。 Mission Bio Tapestri平臺可以在單細胞水平,高通量的檢測來自同一細胞的SNV、 CNV以及蛋白質數據,提供單細胞多組學解決方案,這將進一步提高對細胞間異質性的理解,提供細胞和遺傳組成的獨特見解。
單細胞基因組測序和傳統測序的區別
技術原理
Tapestri平臺采用“分子標簽”技術,基于微流控的工作原理,通過兩步油包水得以實現。具體流程如下:用帶有oligo標簽的抗體對制備好的單細胞懸浮液進行孵育,細胞表面待檢測的蛋白與抗體發生結合,然后單細胞懸液進入Tapestri平臺,通過油包水,每個油滴包裹一個細胞,實現細胞的分離,在油滴內完成蛋白的釋放和細胞的裂解。然后進行第二步油包水,此次油包水主要是在油滴內完成對蛋白oligo和細胞內靶向基因的標記,使得來自同一細胞內的基因和蛋白均帶有相同的標記信息。接下來油滴裂解,對帶有標記的基因和蛋白的oligo進行測序,從而獲取單個細胞內基因組和蛋白質組的信息。
抗體-寡核苷酸偶聯物用于標記每個細胞表面
微流控技術獲取單細胞DNA&蛋白質文庫信息
單細胞DNA+蛋白質組學工作流程
Mission Bio 單細胞多組學測序(SNV+CNV+蛋白)
結果展示
細胞分群圖(左); 聚類熱圖(中); 小提琴圖(右)
相關性分析(左); 突變共發生魚形圖(中); 克隆進化分析(右)
產品優勢
超高通量
可對每個樣本的5,000-10,000個細胞進行多組學分析;
平臺唯一
目前唯一的高通量單細胞DNA(SNV、 InDel、 CNV、 LOH和易位)檢測平臺,唯一的高通量單細胞DNA和蛋
白質聯合檢測平臺;
高靈敏度
能檢測到0.1%亞克隆,即可檢測到0.1%細胞群體中發生的突變;
流程簡單
工作流程簡單,深度的數據分析及可視化,一鍵構建細胞水平上突變圖譜、探索克隆分布和克隆進化等,
實現DNA和蛋白分析結果的共呈現。
定制服務
可選擇已有的目錄化Panel,也可根據研究需求進行靶向DNA&蛋白質panel定制;
高性價比
與低通量或傳統人工操作等方法相比,成本降低數十倍;
經驗豐富
百奧醫藥技術團隊現已累積100余種不同組織類型、數千余個樣品的單細胞測序經驗。
送樣要求
應用方向
應用案例
單細胞突變分析揭示髓系惡性血液病的克隆進化
Single-cell mutation analysis of clonal evolution in myeloid malignancies
發表雜志:Nature (IF: 49.962); 發表時間: 2020年 11月; 應用技術: Mission Bio 單細胞多組學測序(SNV+CNV+蛋白)
骨髓惡性腫瘤,包括急性骨髓性白血病(AML) 在內,是由造血干細胞和獲得體細胞突變的祖細胞擴展造成的。盡管bulk測序可以提供有關白血病生物學和預后的信息,但是它無法區分同一克隆中發生了哪些突變,也無法準確測量克隆的復雜性或確定突變的順序。本研究通過123個患者的146個樣本的單細胞突變分析,揭示了骨髓惡性腫瘤驅動基因的克隆結構和進化。研究發現AML由少數克隆控制,在表觀遺傳調控因子中經常發生共突變。然而,信號基因的突變通常頻繁發生在不同的亞克隆中,這與克隆多樣性的增加是一致的。本研究描繪了每個樣本的克隆軌跡和發現了協同促進克隆擴展和控制的突變組合,并將蛋白質表達與突變分析相結合,揭示了體細胞基因型和具有免疫表型的克隆結構。為了解髓樣轉化的發病機理以及克隆復雜性如何隨疾病進展而發展提供了視角。
髓系惡性腫瘤患者的單細胞DNA測序結果
AML代表性的遺傳軌跡(左); 蛋白表達與基因突變關聯(右)
