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BD Rhapsody單細胞3'轉錄組+膜表面蛋白檢測
產品簡介
單細胞轉錄組測序如何進行單細胞的捕獲,是決定單細胞檢測成本和通量的關鍵步驟。高通量單細胞捕獲目前主流的有兩大策略,一種是以10x Genomics為代表的采用微流控芯片技術(Microfluidic) ,另一種,就是BD Rhapsody為代表的采用微孔板(Microwell) 技術。 BD Rhapsody單細胞分析系統包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上樣臺、 BD Rhapsody掃描儀三大部分。
BD Rhapsody上樣臺(左); BD Rhapsody卡式芯片(中); BD Rhapsody掃描儀(右)
技術原理
BD RhapsodyTM 卡式芯片由上萬個微孔組成,主要承擔樣本以及試劑的添加,在平面卡式芯片上,一個細胞與一個條碼標記微球(beads) 依次落入同一個微孔中,細胞裂解釋放mRNA并且與磁珠上的引物序列雜交,進而完成細胞的捕獲和mRNA反轉錄。磁性回收beads,抓取cDNA進行文庫構建并測序。接下來采用BD RhapsodyTM 單細胞分析系統進行數據分析,一次可以獲得100~10,000個單細胞的基因表達數據,實現單細胞水平鑒定和表征細胞類型的目的。
BD Rhapsody 微孔捕獲及標記細胞原理
BD Rhapsody 單細胞測序實驗流程圖
BD Rhapsody 單細胞表面蛋白檢測
結果展示
細胞分群圖(左); 蛋白表達密度分布圖和熱圖分析(右)
Marker 基因聚類熱圖(左); 基因表達擬時間分析(右)
產品優勢
超高通量
每個樣可檢測100-10,000個細胞;
多組學檢測
可以同時實現靶向mRNA+ 蛋白質+ VDJ CDR3的單細胞多組學研究;
系統可靠
可利用成像系統對單細胞捕獲過程進行質控;單細胞捕獲效率高達80%,多細胞比例<1%(1,000個細胞中);
經驗豐富
百奧醫藥技術團隊現已累積100余種不同組織類型、數千余個樣品的單細胞測序經驗。
送樣要求
應用方向
應用案例
單細胞測序揭示HIV慢性感染MAIT細胞功能損傷新機制
Sustained IFN-I stimulation impairs MAIT cell responses to bacteria by inducing IL-10 during chronic HIV-1 infection
發表雜志:Science Advances (IF: 14.136); 發表時間: 2020年 2月; 應用技術:BD Rhapsody單細胞轉錄組測序, BD Rhapsody單細胞表面蛋白檢測
HIV-1感染者的粘膜相關恒定T細胞(MAIT) 會發生功能受損,其機制尚不清楚。單細胞轉錄組結合表面蛋白分析顯示,與健康個體相比,隨著干擾素(IFN) 刺激基因上調, HIV-1感染者的外周MAIT細胞被高度激活。持續的IFN-α作用,通過觸發單核細胞產生高水平IL-10,抑制了MAIT細胞對大腸桿菌刺激的應答, 進而抑制IL-12(一個關鍵的MAIT細胞活化共刺激細胞因子)的分泌。阻斷IFN-α或IL-10受體,可以體外阻止HIV-1暴露引起的MAIT細胞功能障礙。此外,阻斷IL-10受體可顯著改善HIV-1感染者MAIT細胞的抗結核應答。研究發現證實了IFN-I/IL-10軸在HIV-1患者MAIT細胞功能障礙中的中心作用,這對開發針對HIV-1患者細菌共感染的抗IFN-I/IL-10策略具有意義。
T細胞亞群的單細胞轉錄和表面蛋白表達譜(左); 基因和蛋白的差異表達分析(右)
IFN-I信號與HIV-1感染MAIT細胞功能障礙的相關性
