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BD Rhapsody單細(xì)胞3‘轉(zhuǎn)錄組測序
產(chǎn)品簡介
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序如何進(jìn)行單細(xì)胞的捕獲，是決定單細(xì)胞檢測成本和通量的關(guān)鍵步驟。高通量單細(xì)胞捕獲目前主流的有兩大策略，一種是以10x Genomics為代表的采用微流控芯片技術(shù)（Microfluidic） ，另一種，就是BD Rhapsody為代表的采用微孔板（Microwell） 技術(shù)。 BD Rhapsody單細(xì)胞分析系統(tǒng)包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上樣臺、 BD Rhapsody掃描儀三大部分。
BD Rhapsody上樣臺（左）； BD Rhapsody卡式芯片（中）； BD Rhapsody掃描儀（右）
技術(shù)原理
BD RhapsodyTM 卡式芯片由上萬個微孔組成，主要承擔(dān)樣本以及試劑的添加，在平面卡式芯片上，一個細(xì)胞與一個條碼標(biāo)記微球（beads） 依次落入同一個微孔中，細(xì)胞裂解釋放mRNA并且與磁珠上的引物序列雜交，進(jìn)而完成細(xì)胞的捕獲和mRNA反轉(zhuǎn)錄。磁性回收beads，抓取cDNA進(jìn)行文庫構(gòu)建并測序。接下來采用BD RhapsodyTM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，一次可以獲得100~10,000個單細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平鑒定和表征細(xì)胞類型的目的。
BD Rhapsody 微孔捕獲及標(biāo)記細(xì)胞原理
BD Rhapsody 單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)流程圖
BD Rhapsody 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
結(jié)果展示
細(xì)胞分群圖（左）； 蛋白表達(dá)密度分布圖和熱圖分析（右）
Marker 基因聚類熱圖（左）； 基因表達(dá)擬時間分析（右）
產(chǎn)品優(yōu)勢
超高通量
每個樣可檢測100-10,000個細(xì)胞；
多組學(xué)檢測
可以同時實(shí)現(xiàn)靶向mRNA+ 蛋白質(zhì)+ VDJ CDR3的單細(xì)胞多組學(xué)研究；
系統(tǒng)可靠
可利用成像系統(tǒng)對單細(xì)胞捕獲過程進(jìn)行質(zhì)控；單細(xì)胞捕獲效率高達(dá)80%，多細(xì)胞比例<1%(1,000個細(xì)胞中)；
經(jīng)驗(yàn)豐富
百奧醫(yī)藥技術(shù)團(tuán)隊現(xiàn)已累積100余種不同組織類型、數(shù)千余個樣品的單細(xì)胞測序經(jīng)驗(yàn)。
送樣要求
應(yīng)用方向
應(yīng)用案例
鼻纖毛細(xì)胞是COVID-19早期SARS-CoV-2復(fù)制的主要靶細(xì)胞
Nasal ciliated cells are primary targets for SARS-CoV-2 replication in the early stage of COVID-19
發(fā)表雜志：Journal Of Clinical Investigation （IF: 14.808）； 發(fā)表時間： 2021年 7月； 應(yīng)用技術(shù)：BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
在COVID-19的早期階段，上呼吸道會受到損害，但在細(xì)胞水平上對SARS-CoV-2的趨向性尚未完全確定。最近的單細(xì)胞RNA-Seq分析顯示所有鼻上皮細(xì)胞中SARS-CoV-2進(jìn)入相關(guān)宿主分子的mRNA表達(dá)水平較低，但本研究發(fā)現(xiàn)這些蛋白水平相對較高，并且它們的定位局限于多毛上皮細(xì)胞的頂端。此外，本研究提供了在COVID-19患者中大量檢測到SARS-CoV-2并在多分枝細(xì)胞中復(fù)制的證據(jù)。研究發(fā)現(xiàn)，在COVID-19的早期階段，感染的纖毛細(xì)胞迅速被分化的前體細(xì)胞取代。此外，分析表明SARS-CoV-2的細(xì)胞趨向性僅限于鼻腔纖毛上皮而非口腔鱗狀上皮。這些結(jié)果表明，在COVID-19早期階段靶向鼻上皮纖毛細(xì)胞可能是預(yù)防SARS-CoV-2傳播的理想策略。
健康供體與COVID-19患者鼻上皮細(xì)胞組成
差異表達(dá)基因分析（左）； COVID-19患者鼻腔上皮細(xì)胞的軌跡推斷（右）
